Velešín v letech 1938 až 1944
Během roku 1938 se započalo s výstavbou betonových bunkrů na obranu železniční trati. Před železniční stanicí Velešín městys od Kaplice jich bylo postaveno pět. První pod silnicí nad dnešním rybníčkem, druhý pod zastávkou Velešín, třetí u strážního domku číslo 777, čtvrtý pod silnicí vedoucí z Velešína do Skřidel a pátý vpravo od trati ve směru na Fialův rybník. Bunkry nebyly všechny dokončeny. V úžlabině od rybníčka pod Skřidly směrem ke státní silnici (v dnešní zahrádkářské kolonii), položili vojáci „španělské jezdce“. Nedokončené opevnění přesto v září 1938 obsadilo československé vojsko. V roce 1939 vyhodili Němci všechny bunkry u Velešína do povětří a německý záložní nadporučík, který tehdy odstřelu bunkrů velel, prohlásil, že bunkry byly důkladně vybudovány.
Na den svatého Václava, tedy 28. září 1938, se evakuovaly železniční stanice Horní Dvořiště až Kaplice do Českých Budějovic. Po obsazení „sudet“ nacistickou německou armádou se stala železniční stanice Velešín pohraniční stanicí. Před prvním říjnem 1938 byla obsazena osmi zaměstnanci a tento počet vzrostl do 23. listopadu 1938 na 41 pracovníků a po zřízení celního úřadu, finanční správy a pasové kontroly na 68. Patnáctého března 1939 byl i Velešín obsazen nacisty a pasová kontrola byla vykonávána jen Němci v Kaplici.
Velešín byl během druhé světové války postižen několika vlnami zatýkání. Jako první byl ve Velešíně zatčen 7. října 1940 prozatimní ředitel školy Josef Růžička, který zemřel 24. února 1942 v koncentračním táboře Osvětim. Důvodem jeho zatčení byla pravděpodobně jeho sokolská činnost a neskrývaný odpor proti okupantům. Neautorizovaná vzpomínka Václava Rubáše naznačuje možnost udání ze zištných důvodů.
Již od roku 1934 vytvořili ve Velešíně komunisté ilegální skupinu, která pomáhala především při emigračních cestách pokrokových lidí z nacistického Německa a rozšiřovala protinacistické letáky. Jejími členy byli František Řihout, Tomáš Gallistl a Vojtěch Cvetler. O letácích z roku 1935 se zmiňuje i Růžena Jandová a Milan Holakovský. Po příchodu nacistů byla skupina rozšířena na sedm členů a to o Tomáše Řihouta, Václava Rubáše, Jana Tipala a Jan Jaroše z Netřebic. Velešínská komunistická ilegální skupina měla přímý kontakt nejen s ústředním výborem KSČ, ale i s obcemi Zubčice, Svatý Ján, Římovem, Zlatou Korunou, Netřebicemi, Besednicí, Svinci a s Holkovem. Při dodržování zásad konspirace rozšiřovali především letáky a další ilegální tiskoviny, které se rozmnožovaly u Tomáše Gallistla. Schůze se konaly pravidelně, vždy však na jiném místě.
V roce 1941 byla velešínská skupina rozbita. František Gallistl byl zatčen 14. nebo 17. března 1941 a o dva měsíce později , 15. května 1941, byli zatčeni V. Cvetler, V. Rubáš, J. Tipal a J. Jaroš. Bratří Řihoutové byli zajištěni ještě později. Dvacátého čtvrtého května 1941 byl zatčen František Řihout a v září 1941 v Praze Tomáš Řihout. Všichni byli odvezeni na gestapo v Českých Budějovicích a dále deportováni do koncentračních táborů. Konec velešínské skupiny KSČ způsobil pravděpodobně zásah gestapa proti okresní organizaci KSČ v Č. Budějovicích, jejichž složení a organizaci gestapo znalo. V Mathausenu zahynul Tomáš Řihout, František Řihout zahynul v Budyšíně, Vojtěch Cvetler v Mnichově. Ostatní členové velešínské ilegální skupiny KSČ věznění v nacistických koncentračních táborech přežili.
V letech 1942 byli zatčeni z Velešína Ladislav Tůma a František Bláha, v roce 1943 byli zatčeni Stanislava Finstera a Jan Kopřiva, v roce 1944 postihlo zatýkání Jaroslava Tibitanzla, Františka Koidla, Jitku Lustovou a Stanislava Holého. Koncem roku 1944 byl zatčen J. Koza, který byl nasazen na práci v Halle am Salle jako železničář. Uprchl však z transportu vězněných a od dubna 1945 se skrýval ve Velešíně. Na samotném konci války byla ještě zatčena pracovnice velešínského nádraží Anna Vítková. Ze jmenovaných zahynul v koncentračním táboře Osvětim F. Bláha. Ostatní se vrátili do osvobozené vlasti, „ale brzy se u nich projevily následky vězeňských útrap“. Na následky krutého zacházení a prožitých útrap zemřel 5. června 1945 Ludvík Tůma a Stanislav Finster 5. září 1945.
Jako pilot u 313. československé stíhací peruti ve Velké Británii sloužil velešínský rodák Prokop Brázda. Dvacátého čtvrtého dubna 1942 byl sestřelen a zřítil se se svým letounem u pobřeží nedaleko města Felixtove a 29. dubna 1942 byl pohřben na hřbitově v Hornchurchu. In memoriam byl vyznamenán Čs. válečným křížem a medailí za chrabrost a v roce 2005 se stal čestným občanem města Velešín.
Miroslav Hanzal navíc uvádí zatčeného občana Velešína Františka Šicnera a Růžena Jandová zatčené občany Velešína Bohumíra Blažka, Hedviku Blažkovou, Karla Čípa, Josefa Kostečku, Jana a Ludmilu Šteflových, Jaroslava Štejnochra, Ludvíka Tůmu a Josefa Vavreina, který „nepřežil fašistické věznění“. Jména „navíc“ u Hanzala a Růženy Jandové nejsou uvedeny v dostupných seznamech Svazu protifašistických bojovníků. U Kopřivy je zde uvedeno křestní jméno Josef a u Koza Bohuslav.
Na podzim roku 1939 bylo z české velešínské školy odstraněno 250 kilogramů „závadných knih“. Již na samém počátku okupace Velešína zde vzniklo pro hitlerovské Národní souručenství, kam „s jedinou výjimkou vstoupili všichni dospělí obyvatelé Velešína“ a pro děti z Velešína vznikla fašistická dětská organizace Hitlerjungend a počátkem roku 1940 byla ve Velešíně zřízena jedna třída německé školy na obecním úřadě. Je zajímavé, že „žádné z šestnácti přihlášených dětí neumělo německy“. Německá škola ve Velešíně byla oficielně otevřena 7. dubna 1940. Z příkazu nacistů byla ve Velešíně v roce 1941 zakázána veškerá česká spolková a osvětová činnost.
Z válečných událostí je nutno zaznamenat odebrání všech čtyř velešínských kostelních zvonů pro válečné účely 31. března 1942. Řada obyvatel Velešína byla „totálně nasazena“ do Rakouska a Bavorska, aby nahradili v práci Němce, kteří odešli na frontu. Z tohoto totálního nasazení se do Velešína nevrátil Jaroslav Nuska, který zahynul při spojeneckém náletu.