Jak velešínský farář Svatý Jan založil
Když v devatenáctém století vyšel šestý díl monumentálního díla Čechy, tak na straně 21 si každý mohl přečíst: „Východně od Velešína, za řekou Malší zdvihá se rozlehlá a širému vůkolí vévodící hora Ločenická, nazvaná od veliké vesnice Ločenice, jež rozkládá se na východním jejím svahu. Na samém hřbetu horském, ve výši 624 m. tyčí se daleko na vše strany viditelný kostel sv. Jana uprostřed osady téhož jména. Osada Svatý Jan, jinak také Svatojanské Hory nazvaná, není stará, povstala teprve ve století minulém..“
Nad návrším Ločenické hory prý viděl velešínský farář Jan Bernard Rierenschopl jednoho večera roku 1732 pět hvězd, které považoval za znamení, že zde má postavit svatostánek, zasvěcený svatému Janu Nepomuckému. Světec, svatořečený roku 1729, byl v té době „módní“ a nebylo místa, kde by se nenalézal jeho obrázek či nestavěla jeho socha. A tak velešínský farář Rierenschopl začal na návrší Ločenické hory stavětv roce 1732 barokní poutní kapli. Dostavěnou kapli však posvětil až Rierenschopfův nástupce Theofil Ignác Hostounský 16. května 1735. V kapli se nacházel obraz svatého Jana Nepomuckého a prý „sem přicházelo mnoho lidí“. Kolem kapličky vzniklo postupně třináct usedlostí.
„Císařským rozkazem Josefa II. roku 1786 proměněna kaple ve chrámec lokální a kostelík nestačoval záhy zbožným návštěvníkům“. Rozšíření kaple na kostel měl na starosti velešínský kaplan Vojtěch Metla. Na stavbu kostela přispěla kromě velešínských obyvatel také hraběcí rodina Buquoyů. Krátce po dostavbě kostela, již v roce 1786, zde byla zřízena lokálie, která patřila k velešínské faře. Zajímavý architektonický komplex tvoří dlouhý jednolodní kostel uprostřed a tři ramena chodeb v čele a po stranách. Na plochostropé ambity, otevřené do prostranství u kostela arkádami, navazuje obydlí kněze, od roku 1856 fara, škola a v přízemí hostinec pro poutníky. Součástí poutního komplexu jsou i kamenné schody a kostelní věž, která byla přistavěna v letech 1823 až 1824. Věžní hodiny byly vsazeny na konci 19. století a „byly koupeny z Velešína“. Ze svatojánských památek se v kostele zachoval na hlavním rokokovém oltáři obraz sv. Jana Nepomuckého z roku 1852 a pacifikál s ostatky tohoto světce, které roku 1908 kostelu daroval místní farář A. Stropek. Za prvé světové války, 17. února 1917, byly pro válečné účely odebrány dva zvony. Nové zvony byly do věže poutního kostela sv. Jana Nepomuckého ve Svatém Jánu nad Malší osazeny 8. července 1923.
Kostel sv. Jana Nepomuckého se stal nejen nejmladším poutním místem v Čechách, ale dal obci, ve které v roce 1890 žilo 787 obyvatel, i své jméno. Obcí se stal Svatý Jan nad Malší ale až v roce 1923. Do té doby byl osadou obce Ločenice. Náves byla „mírně srovnána v roce 1886 a bylo na ní vysazeno pět kaštanů“. Každoroční pouť se zde koná vždy 16. května, na svátek svatého Jana Nepomuckého. Zpravidla byly slouženy dvě mše svaté, První sloužil místní farář a druhou, slavnostní zpívanou a s kázáním, měl vždy některý z hostujících kněží. Zvláště slavná byla pouť v roce 1920 a 1947, kdy byla spojena s misií. Požehnání se odehrávalo u sochy sv. Jana Nepomuckého na návsi. Sochu nechal postavit v roce 1873 místní rodák Jan Nepomuk Vrzal-Šimek a sochu vytesal samouk Jan Kadlec z Trhových Svinů.
Pod pojmem pouť rozumíme putování se zbožným úmyslem na památné místo. Je tedy třeba odlišit duchovní pouť od poutí zábavných s kolotočovými a jinými atrakcemi, které se v současnosti konají jako součást původních církevních poutí. Jako poutní místo římskokatolická církev označuje místa, kam putuje větší počet věřících z jiných farností. Pouť je vždy spojena s podniknutím cesty na posvátné místo, s překonáním vzdálenosti. Jak napsal Jiří Černý „zjednodušeně bychom mohli přirovnat poutní místa k duchovním lázním“. V současné době se koná pouť za účasti několika set návštěvníků. Po roce 1989 sem přijel sloužit poutní mši svatou kanovník Mons. Josef Kavale.
V roce 1919 byly před kostelem zasazeny dvě lípy, pojmenované Masaryk a Libuše. Šestého dubna 2000 obec navštívil president republiky Václav Havel a se svou manželkou Dagmar společně zde zasadili lípu. V roce 2001 žilo v obci Svatý Jan nad Malší 375 obyvatel a z toho 146 obyvatel se hlásilo ke katolické víře.